个人简介

英国剑桥大学博士，美国麻省理工学院博士后，剑桥大学海外Fellowship获得者，欧洲分子生物实验室Fellowship获得者。 目前任职于西安交通大学电信学院计算机科学与技术系，担任教授、博士生导师。曾长期在全球最大的生物信息研究所—欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）从事生物医学文本挖掘的研究、开发工作。 主导开发的BioModels数据标准系统曾被评为系统生物学领域最重要资源， 《Nature》出版社也曾经就该系统进行过专访。该系统一经问世，就得到广泛关注和支持。 迄今为止，多家顶级国际学术出版机构中超过200多个期刊支持BioModels，并推荐投稿人将数据存入该平台。BioModels被欧盟作为一个成功案例在欧洲生物信息架构计划（ISBE）的方案书中进行了分析。2016年，所带领的团队在生物文本挖掘的国际比赛BioNLP上，取得了SeeDev任务的第一名。在生物文本挖掘领域已取得多项创新成果，所取得的成果达到国际领先水平。成果已发表在国际知名期刊和顶级会议。这些论文已被国际同行大量引用。基于其在相关领域所做贡献，已受邀担任多个国际期刊和会议审稿人和项目评审人：英国最大的生物科学领域科研基金BBSRC的项目评审人和自然语言处理的顶级国际会议EMNLP和NAACL的组委会成员。并且担任生物信息领域国际期刊Bioinformatics和Journal of Biomedical Semantics的审稿人、自然语言处理领域的国际顶级会议ACL、和RANLP的审稿人。

个人及工作简历

2016.03至今，西安交通大学电信学部计算机学院，教授

2014.06~2016.03，麻省理工学院，博士后

2010.06~2014.03，英国剑桥大学，博士研究生

2005.10~2010.05，欧洲生物信息研究所，助理研究员

2004.04~2005.09，美国TASMA集团，高级工程师

研究领域（方向）

1. 生物文本挖掘技术研究

2. 面向临床数据的深度学习方法应用研究

3. 数字化病理图像分析研究

4. 临床结构化数据挖掘与分析研究

5. 病理语义标准化研究

科研项目

1. 200万元，国家基金委，2017-12-2022.12

2. 全链条智能化病理诊断设备, 30.0万元，陕西省科学技术厅, 2021-05-2023-04

3. 基于乳腺癌、胃癌、冠心病等疾病的医疗大数据管理与服务关键技术研发与应用示范，32.4万元，宁夏医科大学总医院，2022-06-2025-06

学术及科研成果、专利、论文

1. Robust and Fast Measure of Information via Low-rank Representation. AAAI. (已录用，CCF A类会议)

2. HistoML, a markup language for representation and exchange of histopathological features in pathology images. Nature Scientific data (2022). (已录用，中科院2区)

3. Regularized Modal Regression on Markov-Dependent Observations: A Theoretical Assessment AAAI. (已录用，CCF A类会议)

4. Markov Subsampling Based on Huber Criterion. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems. TNNLS (2022). (已录用，中科院1区、交大最具影响力 CCF B)

5. Unsupervised Representation Learning for Tissue Segmentation in Histopathological Images: From Global to Local Contrast. IEEE Transactions on Medical Imaging (2022). (已录用，中科院2区、交大最具影响力 TMI CCF B)

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